濃度為0.1-1%的甲醛溶液可用于系統殺菌及長期停用保護，至少應在膜元件使用24小時才可以與甲醛接觸。

異噻唑啉其商標名為Kathon, Kathon用于殺菌和存貯時的，建議濃度為15—20%。

可用作微生物生長的制劑，在使用本劑控制生長時，可以500ppm的劑量每天加入30～60分鐘，在用于長期停運保護時，可用1%的亞硫酸氫鈉作為其保護液。

可使用過氧化氫或過氧化氫與乙酸的混合液作為殺菌劑，必須特別注意的是在給水中不應含有過渡金屬（Fe,Mn ）。因為如果含有過渡金屬時會使膜表面氧化，從而造成膜元件的降解，在殺菌中的過氧化氫濃度不應超過0.2%，不應將過氧化氫用作膜元件長期停運時的保護液，在使用過氧化氫的場合其水溫度不超過20℃。

適用于停止運行5—30天的反滲透系統，此時反滲透膜元件仍安裝在RO系統的壓力容器內，保存操作的具體步驟如下：

a.用給水沖洗反滲透系統，同時注意將氣體從系統中完全排除。

b.將壓力容器及及相關管路充滿水后，關閉相關閥門，防止氣體進入系統。

長期保存方法適用于停止使用30天以上，膜元件仍安裝在壓力容器中的反滲透系統，保存操作的具體步驟如下：

a.用反滲透產出水配置殺菌液，并用殺菌液沖洗反滲透系統，殺菌劑的選用及殺菌液的配制方法可參見一種藥液進行。

b.用殺菌液充滿反滲透系統后，關閉相關閥門，使殺菌液保留于系統中，此時應確認系統完全充滿。

c.如果系統溫度低于27℃，應每隔30天用新的殺菌液進行第二步操作，如果系統高于27℃，應每隔15天用新的殺菌液進行第二步操作。

d.在反滲透系統重新投入使用前，用低壓給水沖洗系統一小時，然后再用高壓給水沖洗系統5—10分鐘，無論低壓沖洗還是高壓沖洗時，系統的產水排放閥都應全部打開，在恢復系統至正常操作前，應檢查并確認產品水水中不含有任何殺菌液。

用1%的氫氧化鈉溶液循環沖洗10分鐘后浸泡20分鐘，然后再環沖洗10分鐘后浸泡20分鐘，來回做5次左右。

用0.2%的鹽酸溶液循環沖洗10分鐘后浸泡20分鐘，然后再環沖洗10分鐘后浸泡20分鐘，來回做5次左右。

用0.2-0.4%非氧化性的殺菌劑循環沖洗1小時后浸泡1小時，然后再循環沖洗1小時后浸泡1小時，來回做4次左右。